Les principaux problèmes méthodologiques des comparaisons internationales sont les différences inter-pays de mode de recueil et de définition des données. De plus, certaines données peuvent être manquantes ou tronquées, volontairement ou involontairement par les organismes nationaux qui les produisent.
L'OCDE attire l'attention des utilisateurs de ses bases de données sur les problèmes potentiels suivants :
Espérance de vie : les méthodes de calcul des tables de mortalité peuvent varier d'un pays à l'autre et causer ainsi des problèmes de comparabilité
Taux d'incidence de problèmes de santé : la comparaison des données disponibles ne peut être qu'extrêmement prudente, compte tenu de l'extrême hétérogénéité des méthodes de recueil.
Auto-perception de l'état de santé général : indicateur recueilli lors d'enquête dans la population, avec des différences entre pays dans la formulation de la questions et dans les modalités de réponse.
Emplois dans le secteur de la santé : tous les pays ne transmettent pas leurs résultats en « équivalent temps plein », voire certains pays (Espagne, Finlande, Italie) indiquent le nombre de médecins autorisés à exercer et non le nombre de médecins en activité.
Lits d'hospitalisation et de soins aigus : certains pays n'incluent que les lits des établissements publics (Royaume-Uni, Irlande). La définition actuelle OCDE des soins aigus correspond à des séjours motivés par un ensemble de motifs cliniques déterminés, certains pays continuent d'utiliser comme définition la durée de séjour.
Consultations de médecins : certains pays ne comptabilisent pas les consultations de spécialistes ou les soins de PMI
Vaccination des enfants : il existe des variations concernant l'âge des enfants pour lesquels l'information est recueillie, de façon à tenir compte des différences entre pays de calendrier vaccinal
Dépenses de santé. Seuls 12 pays de l'OCDE établissent des comptes nationaux conformes aux recommandations de l'organisation. Les autres pays établissent des estimations approximatives basées sur leurs données comptables nationales. L'absence de compte de la santé national entraîne souvent la sous-estimation de certains postes.
La rubrique « Source et méthode » du logiciel Eco-Santé OCDE fournit des renseignements très complets et détaillés par pays des sources et méthodes de recueil pour chacun des indicateurs de la base.