On distingue :
les Agences Régionales d'Hospitalisation (http://www.parhtage.sante.fr/re7/site.nsf). Elles définissent et mettent en œuvre la politique régionale de l'offre de soins hospitaliers. Elles analysent et coordonnent l'activité des établissements de santé.
l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Produits de Santé (AFSSAPS) http://agmed.sante.gouv.fr/. Elle mène plusieurs missions dont celle de police sanitaire : elle a ainsi le pouvoir de donner les autorisations de mise sur le marché des médicaments nouveaux, ainsi que les autorisations d'ouverture des établissements pharmaceutiques ; elle a également un rôle de vigilance et d'alerte sanitaire. Ses compétences concernent certes les médicaments mais également les cosmétiques, aliments diététiques et matériels médicaux.
l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA). Elle procède à l'évaluation des risques liés aux aliments pour les hommes et les animaux et aux risques sur l'environnement en liaison avec la santé des individus.
les Agences Régionales de Santé. Elles doivent prendre le relais des Agences Régionales de l'Hospitalisation (ARH), des DDASS, des DRASS, des Unions Régionales des Caisses d'Assurance Maladie (URCAM) et des missions régionales de santé (MRS) au début de l'année 2010, avec des missions plus larges, dans le soucis de rapprocher la gestion de la ville et de l'hôpital. Elles ont donc pour objectif de permettre un pilotage unifié et responsabilisé du système territorial de santé car ce pilotage, actuellement réparti entre les services de l'Etat, de l'Assurance maladie et les ARH n'est pas jugé satisfaisant : enchevêtrement des compétences, éclatement institutionnel, cloisonnement des acteurs (notamment entre le secteur ambulatoire et le secteur hospitalier). Les ARS engloberont le système médico-social (personnes âgées et personnes handicapées) ainsi que les soins de ville, les soins hospitaliers, la prévention. De nombreux objectifs sont attendus de cette création : le recentrage de l'offre de soins vers les soins primaires, la réalisation d'une meilleure cohérence de l'offre de soins des deux secteurs ville-hôpital, l'amélioration du parcours de soins des patients, et un moyen de maîtriser les dépenses de santé.